Terkait praperadilan (Pasal 8), PERMA memberikan pedoman bagi hakim: praperadilan diadili oleh pengadilan negeri di wilayah kedudukan penyidik, atau kedudukan penuntut umum untuk permohonan terkait sah atau tidaknya penghentian penuntutan. PERMA juga mengatur bahwa bila pemohon praperadilan merupakan tersangka yang masuk daftar pencarian orang (DPO), hakim menjatuhkan putusan permohonan praperadilan tidak dapat diterima.

Dalam aspek kapasitas aparatur peradilan, PERMA mendorong ketua pengadilan menunjuk hakim yang telah mengikuti pendidikan dan pelatihan teknis di bidang perpajakan untuk memeriksa praperadilan maupun pokok perkara pidana pajak. Jika di pengadilan tidak terdapat hakim yang telah mengikuti pelatihan tersebut, ketua atau wakil ketua pengadilan dapat ditunjuk memeriksa perkara. 

Pada bab hukum acara, PERMA memuat pengaturan mengenai pengamanan aset dan pembuktian. Rangkaian ketentuan mencakup pemblokiran, penyitaan untuk pembuktian, serta penyitaan untuk pemulihan kerugian pada pendapatan negara, disertai mekanisme peran penuntut umum dalam memohon penetapan tertentu kepada hakim ketika syarat pembuktian terpenuhi.

PERMA juga membuka ruang pembayaran pokok pajak dan sanksi administratif pada fase-fase proses pemeriksaan. Bagi terdakwa yang melakukan pelunasan setelah pembacaan tuntutan dan sebelum putusan, PERMA mengatur konsekuensi putusan yang berbeda untuk orang pribadi dan korporasi: hakim dapat menyatakan terdakwa bersalah dengan penjatuhan pidana denda yang diperhitungkan dari pembayaran yang telah dilakukan, serta untuk skenario tertentu orang pribadi dapat dinyatakan bersalah tanpa disertai penjatuhan pidana penjara. Pelunasan juga menjadi pertimbangan hakim dalam menentukan lamanya pidana penjara dan besaran denda.

Pada bagian putusan dan eksekusi, PERMA menegaskan pengaturan pidana denda: denda dalam konteks Pasal 39 dan Pasal 39A UU KUP tidak dapat digantikan dengan pidana kurungan dan wajib dibayar. Jika denda tidak dibayar paling lama satu bulan setelah putusan berkekuatan hukum tetap, jaksa melakukan penyitaan dan pelelangan harta kekayaan untuk pembayaran denda sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.

Selain itu, PERMA mengatur mekanisme pemeriksaan dan putusan saat terdakwa tidak hadir tanpa alasan sah, termasuk ketentuan pemberitahuan putusan dan syarat banding. PERMA juga memuat ketentuan ketika tersangka atau terdakwa meninggal dunia, termasuk jalur tertentu untuk pemulihan melalui mekanisme perdata oleh jaksa pengacara negara bila kerugian pada pendapatan negara secara nyata telah terjadi.

Dalam ketentuan penutup, MA menyatakan PERMA 3/2025 berlaku sejak diundangkan. Untuk perkara pidana perpajakan yang telah dilimpahkan ke pengadilan sebelum PERMA ini berlaku, proses tetap dilanjutkan sampai putusan berkekuatan hukum tetap dengan mengacu pada ketentuan yang berlaku sebelumnya, sepanjang tidak bertentangan dengan PERMA 3/2025.